כהשלמה למבנה הארגוני מתוך רצון להגיע לאפקטיביות בעבודתינו החינוכית הוגדרו בעלי התפקידים השונים במדרשה, דבר המאפשר לכל אחד מבעלי התפקידים להתמקד בתחום אחריותו תוך שילוב עם נושאי התפקיד האחרים במדרשה.